Berlin-Preise 2010 gehen an Dr. Simone Fulle und Karen Schomburg / Simone Fulle hat in ihrer Dissertation eine auf Graphentheorie basierende Methode weiterentwickelt, mit der sich die flexiblen und rigiden Bereiche von Ribonukleinsäuren (RNA-Strukturen) innerhalb weniger Sekunden bestimmen lassen. Darauf aufbauend untersuchte sie die Flexibilitätseigenschaften des ribosomalen Tunnels und beantwortete Fragen zu dessen funktioneller Rolle in der Proteinsynthese / Karen Schomburg hat in ihrer Masterarbeit eine Software entwickelt, die SMARTS-Zeichenketten in leicht lesbare Strukturgraphiken mit Legenden umwandelt / Vergabe am Montag, 8.11. in Goslar
Die FIZ CHEMIE Berlin-Preise 2010 gehen an Dr. Simone Fulle für ihre bei Prof. Dr. Holger Gohlke, Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf, erarbeitete Dissertation und an Karen Schomburg (M.Sc.) für ihre Masterarbeit in der Forschungsgruppe von Prof. Dr. Matthias Rarey an der Universität Hamburg. Mit dem FIZ CHEMIE Berlin-Preis zeichnet die Fachgruppe Chemie-Information-Computer (CIC) der Gesellschaft Deutscher Chemiker e.V. (GDCh) Nachwuchswissenschaftler aus, die mit ihrer Dissertation, Master- oder Diplomarbeit eine besondere Leistung zur Weiterentwicklung des Fachgebietes Chemie-Information-Computer erbringen. Das interdisziplinäre Forschungsgebiet hat durch die Bereitstellung computerbasierter Forschungsmethoden und Simulationswerkzeuge große Bedeutung für die Arzneimittelforschung gewonnen.

Dr. Simone Fulle: FIZ CHEMIE Berlin-Dissertationspreis 2010

2009 wurde der Nobelpreis für Chemie an zwei Wissenschaftler und eine Wissenschaftlerin für deren bahnbrechende Erkenntnisse zur Aufklärung der Struktur und Funktionsweise des Ribosoms vergeben. Ribosomen sind große RNA-Proteinkomplexe in der Zelle, die als molekulare Maschinen für die Proteinsynthese, also den Zusammenbau von Aminosäureketten, verantwortlich sind.

Dr. Simone Fulle, Gewinnerin des FIZ CHEMIE Berlin-Dissertationspreises 2010, hat ihre Doktorarbeit auf den Strukturinformationen aufgebaut, die aus der Arbeit der Nobelpreisträger resultieren. Durch die erstmalige Bestimmung und Analyse der Flexibilitätseigenschaften der Ribosomstrukturen ist es Simone Fulle gelungen, neue Einsichten in die Funktion des ribosomalen Tunnels zu erhalten, der eine wichtige Rolle bei der Regulation der Proteinsynthese einnimmt. Hierfür hat sie eine neue Netzwerkrepräsentation für RNA-Strukturen entwickelt, mit der die Flexibilitätseigenschaften dieser Strukturen innerhalb weniger Sekunden bestimmt werden können. Die von ihr entwickelte Methode erlaubt in Zukunft eine effiziente Analyse auch von anderen RNA-Strukturen, was neue Einsichten in die Zusammenhänge zwischen Flexibilität und biologischer Funktion ermöglicht und wertvolle Informationen für die Verbesserung von Antibiotika im Rahmen von strukturbasierten Wirkstoffdesign-Ansätzen liefert. Die Ergebnisse ihrer Arbeit wurden in fünf wissenschaftlichen Publikationen in anerkannten internationalen Fachjournalen veröffentlicht. Das Journal of Chemical Information and Modeling 2010 publizierte eine Untersuchung, die den von Fulle entwickelten Ansatz nutzte, um Konformationsensembles der HIV-1 TAR-RNA zu erzeugen. http://pubs.acs.org/toc/jcisd8/50/8

Professor Gohlke, Inhaber einer Professur für Pharmazeutische und Medizinische Chemie an der Universität Düsseldorf, erklärt: "Simone Fulle hat mit sehr viel technischem Verstand und tiefer Einsicht in RNA-strukturbiologische Fragestellungen eine grundlegende Methode zur Vorhersage der Flexibilität von RNA-Strukturen entwickelt. Ihre Methode erlaubt es, innerhalb von wenigen Sekunden die flexiblen und rigiden Bereiche dieser Biomakromoleküle zu bestimmen, was sowohl für das Verständnis der biologischen Funktion unabdingbar als auch für die Durchführung von strukturbasierten Wirkstoffdesign-Ansätzen hilfreich ist."

Karen Schomburg (M.Sc.): FIZ CHEMIE Berlin-Masterarbeitspreis 2010

Karen Schomburg (M.Sc.), Gewinnerin des FIZ CHEMIE Berlin-Preises 2010 für eine herausragende Masterarbeit, hat eine Software entwickelt, die Zeichenketten der Chemie-Computersprache SMARTS in leicht lesbare Strukturgraphiken umwandelt. Das Ergebnis wird automatisch mit Legenden versehen. Diese erklären die auf der Darstellung verwendeten chemischen Symbole und Bindungen. Der Prototyp ist auf der Webseite des ZBH Zentrum für Bioinformatik der Universität Hamburg zum Testen bereitgestellt (http://smartsview.zbh.uni-hamburg.de/). Diese Veröffentlichung beschert der Nachwuchswissenschaftlerin nach eigener Aussage "den spannendsten Teil ihrer Masterarbeit", weil sie nun Rückmeldungen und Diskussionsbeiträge von Nutzern erhält.

Prof. Dr. Matthias Rarey, Geschäftsführender Direktor des ZBH und Betreuer der Masterarbeit, erläutert Hintergrund und Bedeutung des Forschungs- und Entwicklungsansatzes: "In der Chemie spielt die graphische Sprache der Strukturformeln eine zentrale Rolle. Allerdings gibt es nur sehr eingeschränkte Möglichkeiten, verallgemeinernde, molekulare Muster graphisch darzustellen. In unserem Fachgebiet, der Chemoinformatik, hat sich hierfür die Mustersprache SMARTS als Quasi-Standard durchgesetzt. Für Chemikerinnen und Chemiker aus anderen Fachrichtungen sind die alphanumerischen Zeichenketten nicht oder nur sehr schwer verständlich. Karen Schomburg hat die für maschinelle Verarbeitung konzipierten Zeichenketten in die Bildsprache der Chemie übersetzt: in Graphiken ähnlich den Strukturdiagrammen, mit denen forschende Chemiker tagtäglich umgehen. Sie liefert damit ein Werkzeug, das alle Forscherinnen und Forscher bei der computergestützten Suche nach neuen Wirkstoffen unterstützt. Ihr Konzept ist nicht nur gut durchdacht und hervorragend umgesetzt. Es ist auch ein schönes Beispiel dafür, welch wertvolle Beiträge Chemoinformatik für die chemische Forschung als Ganzes liefern kann".


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Quelle:Informationsdienst Wissenschaft / Fachinformationszentrum Chemie GmbH (10/2010)